在過去33年中(1957-1989)，共有22所大學輪流負責擔任中華民國大專院校體育總會會長的職務，每屆會長之任期通常為2-4年。

當時，中華民國大專院校體育總會並無固定的秘書處，而是以每屆會長的大學校園作為辦公場所。 一直到1993年體育大樓建立，中華民國大專院校體育總會才有現在地址的辦公室—台北市中山區朱崙街20號12樓。 自1989年起，會長始由會員大會選舉產生，而不再由一大學指派擔任。迄今共有6位卸任會長，每位之任期為2.5-10年

中華民國大專院校體育總會之現任會長,是於2022年4月13日第10屆會員大會中選出，為中國文化大學校長王淑音博士。

	會長	任職日期
第1屆	簡曜輝	1990/7/1-1993/6/30
	蔡特龍(代理)	1993/7/1-1993/11/19
第2屆	陳太正	1993/11/20-1996/8/22
第3屆	陳太正	1996/8/23-2000/8/25
第4屆	林彩梅	2000/8/26-2004/8/11
第5屆	李天任	2004/8/12-2008/7/13
第6屆	陳坤檸	2008/7/14-2012/7/14
第7屆	江漢聲	2012/6/18-2016/6/17
第8屆	江漢聲	2016/5/20-2018/2/22
第9屆	江漢聲	2018/2/23-2022/2/22
第10屆	王淑音	2022/4/13-2026/4/12